Colossal dévoile un outil d’IA pour identifier les gènes du bec du dodo

Colossal Biosciences a annoncé le mercredi 14 octobre qu'une nouvelle plateforme d'intelligence artificielle appelée GenoMorph a identifié environ 2 300 cibles d'édition génétique potentielles pouvant expliquer le grand bec crochu et la structure faciale du dodo. L'entreprise basée à Dallas prévoit d'intégrer des traits du dodo dans les cellules du pigeon de Nicobar, le plus proche parent vivant du dodo. Elle affirme que son génome du dodo est désormais complété à 95%, mais n'a fourni aucun calendrier pour l'éclosion d'un oiseau.ksl.com+1

Comment fonctionne GenoMorph

Le problème principal est le manque de données. Colossal ne possède qu'un seul génome de dodo, contre environ 100 pour son projet de mammouth laineux, car l'ADN se dégrade plus rapidement sous les tropiques que dans les climats froids. "Normalement, les scientifiques comparent de nombreux génomes" pour trouver les gènes responsables d'un trait, a expliqué la directrice scientifique Beth Shapiro. "Alors, à la place, GenoMorph étudie comment les crânes et les becs se développent chez plus de 70 espèces d'oiseaux vivantes et apprend quels commutateurs génétiques contrôlent leur forme".techcrunch.com+1

La plateforme combine des mesures crâniennes en 3D avec des données sur le développement embryonnaire chez les poulets, les cailles, les canards et les pigeons. Le PDG Ben Lamm l'a qualifiée de "carte au trésor pour le génome du dodo". L'analyse a identifié 653 éléments régulateurs liés à la taille du bec et 1 698 liés à son épaisseur et sa largeur. Colossal a noté que ces résultats "n'établissent pas encore que ces éléments sont la cause de ces traits". Un article décrivant la plateforme sera publié sur le serveur de prépublication bioRxiv.prnewswire.com+2

Tests plus rapides sur les embryons

Colossal a également annoncé un système de nanoparticules lipidiques qui délivre des outils d'édition génétique directement dans les embryons d'oiseaux en développement. Cela permet aux chercheurs de voir l'effet d'une modification "sans avoir à attendre un cycle de reproduction complet", a déclaré Lamm. Sa colonie de pigeons de Nicobar au Texas compte désormais 36 oiseaux, et l'entreprise a dérivé des cellules germinales primordiales, les cellules qui deviennent des ovules et des spermatozoïdes. Elle a également fait état de l'éclosion de chimères de cellules souches embryonnaires de poulet. Colossal a amélioré l'assemblage du génome du dodo en utilisant un logiciel initialement conçu pour son projet de loup terrible, le même programme utilisé pour les loups gris dont elle a annoncé l'an dernier qu'ils avaient été modifiés avec des traits de loup terrible.ksl.com+2

Obstacles avant Maurice

L'entreprise n'a pas donné de date officielle pour une éclosion. Time a rapporté que les scientifiques de Colossal demandent de la patience pour les cinq années environ que le travail devrait prendre. Les critiques soulignent que le résultat serait un dodo "fonctionnel" : un génome de pigeon avec des traits de dodo sélectionnés, et non une copie exacte de l'oiseau disparu.time.com+1

Lamm a déclaré que Colossal travaille avec des scientifiques mauriciens, des groupes de conservation et le gouvernement de Maurice. Il a précisé qu'aucun site de réintroduction ne sera choisi avant que les travaux écologiques et les consultations communautaires ne soient terminés. "Les grands obstacles à venir sont de prouver quels changements génétiques comptent vraiment, d'effectuer plusieurs de ces modifications chez un oiseau et de les transmettre à la génération suivante, et de préparer un foyer sûr pour les dodos à Maurice", a-t-il déclaré.ksl.com