Colossal kehitti tekoälytyökalun dodon nokkageenien paikallistamiseen

Colossal Biosciences ilmoitti keskiviikkona 14. lokakuuta, että uusi GenoMorph-niminen tekoälyalusta on löytänyt noin 2 300 geeninmuokkauksen kohdetta, jotka saattavat selittää dodon suuren koukkunokan ja kasvojen rakenteen. Dallasissa toimiva yritys aikoo muokata dodon piirteitä nikobarenkyyhkyn soluihin, joka on dodon lähin elävä sukulainen. Yrityksen mukaan dodon genomi on nyt 95-prosenttisesti valmis, mutta se ei antanut aikataulua linnun kuoriutumiselle.ksl.com+1

Miten GenoMorph toimii

Suurin ongelma on datan puute. Colossalilla on vain yksi dodon genomi, kun taas villamammuttiprojektissa niitä oli noin 100, koska DNA hajoaa tropiikissa nopeammin kuin kylmissä ilmastoissa. "Normaalisti tutkijat vertaavat monia genomeja" löytääkseen piirteiden takana olevat geenit, kertoi johtava tutkija Beth Shapiro. "Joten sen sijaan GenoMorph tutkii, miten kallot ja nokat kehittyvät yli 70 elävällä lintulajilla, ja oppii, mitkä geneettiset kytkimet ohjaavat niiden muotoa".techcrunch.com+1

Alusta yhdistää 3D-kallomittaukset alkion kehitystä koskevaan dataan kanoilla, viiriäisillä, ankoilla ja kyyhkyillä. Toimitusjohtaja Ben Lamm kutsui sitä "aarrekartaksi dodon genomille". Analyysi tunnisti 653 nokan kokoon ja 1 698 nokan paksuuteen ja leveyteen liittyvää säätelyelementtiä. Colossal huomautti, että nämä havainnot "eivät vielä osoita, että kyseiset elementit aiheuttavat nämä piirteet". Alustaa kuvaava artikkeli julkaistaan bioRxiv-esijulkaisupalvelussa.prnewswire.com+2

Nopeammat testit alkioissa

Colossal ilmoitti myös lipidinanopartikkelijärjestelmästä, joka toimittaa geeninmuokkaustyökaluja suoraan kehittyviin linnunalkioihin. Tämä antaa tutkijoille mahdollisuuden nähdä muokkauksen vaikutus "ilman, että tarvitsee odottaa koko lisääntymissyklin läpi", Lamm sanoi. Sen nikobarenkyyhkyskanta Texasissa on kasvanut 36 lintuun, ja yritys on eristänyt alkusukusoluja, eli soluja, joista tulee munasoluja ja siittiöitä. Se raportoi myös kanan alkion kantasolukimeerien kuoriutumisesta. Colossal paransi dodon genomin kokoonpanoa ohjelmistolla, joka rakennettiin alun perin sen direwolf-projektia varten – sama ohjelma, jota käytettiin harmaasusiin, joiden yritys kertoi viime vuonna muokanneensa saavan direwolf-piirteitä.ksl.com+2

Esteet ennen Mauritiusta

Yritys ei antanut virallista päivämäärää kuoriutumiselle. Time raportoi, että Colossalin tutkijat pyytävät kärsivällisyyttä noin viiden vuoden ajaksi, jonka he arvioivat työn vievän. Kriitikot huomauttavat, että tuloksena olisi "toiminnallinen" dodo: kyyhkyn genomi, johon on lisätty valittuja dodon piirteitä, ei tarkka kopio sukupuuttoon kuolleesta linnusta.time.com+1

Lamm sanoi, että Colossal tekee yhteistyötä mauritiuslaisten tutkijoiden, luonnonsuojeluryhmien ja Mauritiuksen hallituksen kanssa. Hän totesi, ettei vapautuspaikkoja valita ennen kuin ekologinen työ ja yhteisön kuuleminen on saatu päätökseen. "Suuret edessä olevat esteet ovat sen todistaminen, mitkä geneettiset muutokset todella merkitsevät, monien näiden muokkausten tekeminen linnulle ja niiden siirtäminen seuraavalle sukupolvelle sekä turvallisen kodin valmistelu dodoille Mauritiuksella", hän sanoi.ksl.com