Η Colossal παρουσιάζει εργαλείο τεχνητής νοημοσύνης για τον εντοπισμό των γονιδίων του ράμφους του ντόντο

Η Colossal Biosciences ανακοίνωσε την Τετάρτη 14 Οκτωβρίου ότι μια νέα πλατφόρμα τεχνητής νοημοσύνης, το GenoMorph, εντόπισε περίπου 2.300 υποψήφιους στόχους γονιδιακής επεξεργασίας που ενδέχεται να εξηγούν το μεγάλο, γαμψό ράμφος και τη δομή του προσώπου του ντόντο. Η εταιρεία με έδρα το Ντάλας σχεδιάζει να εισάγει χαρακτηριστικά του ντόντο στα κύτταρα του περιστεριού Νικόμπαρ, του πλησιέστερου εν ζωή συγγενή του ντόντο. Αναφέρει ότι το γονιδίωμα του ντόντο έχει συμπληρωθεί κατά 95%, ωστόσο δεν έδωσε χρονοδιάγραμμα για την εκκόλαψη κάποιου πτηνού.ksl.com+1

Πώς λειτουργεί το GenoMorph

Το κύριο πρόβλημα είναι η έλλειψη δεδομένων. Η Colossal διαθέτει μόνο ένα γονιδίωμα ντόντο, σε σύγκριση με περίπου 100 για το πρόγραμμα του μαμούθ, καθώς το DNA αποσυντίθεται ταχύτερα στις τροπικές περιοχές από ό,τι στα ψυχρά κλίματα. «Συνήθως οι επιστήμονες συγκρίνουν πολλά γονιδιώματα» για να βρουν τα γονίδια πίσω από ένα χαρακτηριστικό, δήλωσε η επικεφαλής επιστημονική διευθύντρια Beth Shapiro. «Έτσι, το GenoMorph μελετά πώς αναπτύσσονται τα κρανία και τα ράμφη σε περισσότερα από 70 είδη ζωντανών πτηνών και μαθαίνει ποιοι γενετικοί διακόπτες ελέγχουν το σχήμα τους».techcrunch.com+1

Η πλατφόρμα συνδυάζει τρισδιάστατες μετρήσεις κρανίων με δεδομένα για την εμβρυϊκή ανάπτυξη σε κοτόπουλα, ορτύκια, πάπιες και περιστέρια. Ο διευθύνων σύμβουλος Ben Lamm το χαρακτήρισε ως «χάρτη θησαυρού για το γονιδίωμα του ντόντο». Η ανάλυση εντόπισε 653 ρυθμιστικά στοιχεία που συνδέονται με το μέγεθος του ράμφους και 1.698 που συνδέονται με το πάχος και το πλάτος του. Η Colossal σημείωσε ότι αυτά τα ευρήματα «δεν αποδεικνύουν ακόμη ότι τα στοιχεία αυτά προκαλούν τα εν λόγω χαρακτηριστικά». Μια εργασία που περιγράφει την πλατφόρμα θα αναρτηθεί στον διακομιστή προδημοσιεύσεων bioRxiv.prnewswire.com+2

Ταχύτερες δοκιμές σε έμβρυα

Η Colossal ανακοίνωσε επίσης ένα σύστημα λιπιδικών νανοσωματιδίων που μεταφέρει εργαλεία γονιδιακής επεξεργασίας απευθείας σε αναπτυσσόμενα έμβρυα πτηνών. Αυτό επιτρέπει στους ερευνητές να δουν το αποτέλεσμα μιας επεξεργασίας «χωρίς να χρειάζεται να περιμένουν έναν ολόκληρο κύκλο αναπαραγωγής», δήλωσε ο Lamm. Η αποικία περιστεριών Νικόμπαρ στο Τέξας έχει αυξηθεί σε 36 πτηνά και η εταιρεία έχει απομονώσει αρχέγονα γεννητικά κύτταρα, τα κύτταρα δηλαδή που εξελίσσονται σε ωάρια και σπερματοζωάρια. Επίσης, ανέφερε την εκκόλαψη χιμαιρικών εμβρυϊκών βλαστοκυττάρων κοτόπουλου. Η Colossal βελτίωσε τη συναρμολόγηση του γονιδιώματος του ντόντο χρησιμοποιώντας λογισμικό που κατασκευάστηκε αρχικά για το πρόγραμμα του λύκου της Τασμανίας, το ίδιο πρόγραμμα που χρησιμοποιήθηκε για τους γκρίζους λύκους, οι οποίοι, όπως ανακοίνωσε πέρυσι, τροποποιήθηκαν με χαρακτηριστικά του λύκου της Τασμανίας.ksl.com+2

Εμπόδια πριν από τον Μαυρίκιο

Η εταιρεία δεν έδωσε επίσημη ημερομηνία για την εκκόλαψη. Το περιοδικό Time ανέφερε ότι οι επιστήμονες της Colossal ζητούν υπομονή για τα περίπου πέντε χρόνια που αναμένουν ότι θα διαρκέσει το έργο. Οι επικριτές επισημαίνουν ότι το αποτέλεσμα θα είναι ένα «λειτουργικό» ντόντο: ένα γονιδίωμα περιστεριού με επιλεγμένα χαρακτηριστικά του ντόντο, όχι ένα ακριβές αντίγραφο του εξαφανισμένου πτηνού.time.com+1

Ο Lamm δήλωσε ότι η Colossal συνεργάζεται με επιστήμονες από τον Μαυρίκιο, περιβαλλοντικές οργανώσεις και την κυβέρνηση της χώρας. Ανέφερε ότι δεν θα επιλεγούν τοποθεσίες απελευθέρωσης μέχρι να ολοκληρωθούν οι οικολογικές μελέτες και η διαβούλευση με την κοινότητα. «Τα μεγάλα εμπόδια που έχουμε μπροστά μας είναι να αποδείξουμε ποιες γενετικές αλλαγές έχουν πραγματικά σημασία, να πραγματοποιήσουμε πολλές από αυτές τις επεξεργασίες σε ένα πτηνό, να τις μεταβιβάσουμε στην επόμενη γενιά και να προετοιμάσουμε ένα ασφαλές σπίτι για τα ντόντο στον Μαυρίκιο», είπε.ksl.com