Första kompletta marmosett-genomet kartlägger 76 gener kopplade till Alzheimers

Forskare vid University of California, Santa Cruz Genomics Institute har publicerat det första kompletta, telomer-till-telomer-genomet av vanlig marmosett, en milstolpe som de menar kommer att förbättra studier av Alzheimers sjukdom och andra neurodegenerativa tillstånd. Resultaten, som publicerades på torsdagen i tidskriften Cell, är en del av en större samling studier från Telomere-to-Telomere Consortium som visar att komplett genom-assemblering nu är tillräckligt rutinmässig för att tillämpas på olika arter.biorxiv+1

En ny baslinje för primatforskning

Marmosetten, en liten apa från den nya världen hemmahörande i Sydamerika, har blivit en ledande primatmodell för neurodegeneration eftersom den naturligt utvecklar åldersrelaterad kognitiv försämring. Men fram till nu har forskare förlitat sig på ett referensgenom från 2014 som var fullt av luckor och olösta repetitiva regioner, vilket begränsade deras förmåga att exakt identifiera genetisk variation.news.ucsc+1

Den nya assembleringen, ledd av doktoranden vid UC Santa Cruz, Prajna Hebbar, och professorn i biomolekylär ingenjörskonst Benedict Paten, lägger till över 88 megabaser av tidigare osekvenserat DNA. Genom att använda referensen tillsammans med populationsdata från 230 enskilda marmosetter kartlade teamet 76 gener kopplade till Alzheimers och Parkinsons sjukdom hos människor och fann variationsmönster som speglar de som ses hos människor.neurosciencenews+3

"Vi ser variation hos dessa marmosetter i samma gener som hos människor, vilket ytterligare förstärker idén om att marmosetten är en bra modell för att studera Alzheimers sjukdom," sa Hebbar.news.ucsc+1

Nya genupptäckter

Bland de mest anmärkningsvärda resultaten identifierade teamet tidigare obeskrivna transkriptvarianter av PSEN1, den gen som oftast är inblandad i tidig debut av familjär Alzheimers sjukdom. Forskarna löste också fullständigt Major Histocompatibility Complex, ett tätt kluster av immunsystemgener kopplade till autoimmuna tillstånd, och upptäckte att marmosetter blandar ribosomala DNA-arrayer mellan icke-homologa kromosomer i könsspecifika mönster som inte tidigare dokumenterats hos arten.news.ucsc+1

Mot personlig genomik

Marmosett-genomet är en av flera studier som släpptes på torsdagen och som visar att T2T-sekvensering – som konsortiet först uppnådde för ett mänskligt genom 2022 – nu kan skalas till andra organismer till en lägre kostnad. Forskare säger att framsteget för medicinen närmare en era av prisvärda, individualiserade genomreferenser.medicalxpress+1

"Rutinmässig T2T-genomik gör upptäckter enklare och mer trovärdiga, eftersom vi mycket lättare kan komma åt dessa komplexa regioner," sa Hebbar. "Det är fantastiskt att vara i en era där vi inte sitter fast med tekniska problem – vi kan gå in i biologin och göra upptäckter som är relevanta för människors hälsa."news.ucsc+1