Google DeepMind gefur út AlphaGenome 2 til rannsókna á sjúkdómum

Google DeepMind gaf út AlphaGenome 2 á miðvikudaginn 11. nóvember, líkan sem spáir fyrir um hvernig DNA-raðir og afbrigði þeirra hafa áhrif á tilteknar frumugerðir og ástand manna. Fyrirtækið lýsir því sem tæki til að hjálpa vísindamönnum að finna frumutengda orsakavalda sjúkdóma. Það var þjálfað á yfir 100 milljónum einfrumuprófíla úr 68 vefjum. Samkvæmt fyrirtækinu auðkennir það nærri tvöfalt fleiri breytileika sem hafa áhrif á genatjáningu en upprunalega AlphaGenome, sem kom út á síðasta ári.deepmind.google+1

Vísindamenn geta notað líkanið núna fyrir óviðskiptaleg verkefni í gegnum AlphaGenome API. Aðgangur fyrir viðskiptarannsóknir er í lokuðu forsýningarstigi. DeepMind segir að líkönin séu eingöngu ætluð til rannsókna og hafi ekki verið staðfest eða samþykkt til klínískra eða greiningarlegra nota.deepmind.google

Skilyrt endurhönnun

Fyrsta AlphaGenome gerði spár yfir þúsundir tilrauna samhliða. AlphaGenome 2 er hins vegar skilyrt líkan. Auk milljón stafa DNA-raðar tekur það einn vef, frumugerð eða ástand sem inntak í einu, svo það getur lært hvernig sama DNA-búturinn er lesinn á mismunandi hátt í mismunandi frumum. Það var þjálfað á gögnum úr mönnum og músum, þar á meðal yfir 107 milljónum einstakra frumuprófíla. Það bætir einnig DNA-metýleringu við þær niðurstöður sem það spáir fyrir um.deepmind.google

DeepMind prófaði það á TenK10K gagnasettinu, sem nær yfir 28 ónæmisfrumugerðir. Þar auðkenndi það orsakatengda breytileika í 30% tilvika, samanborið við 16% fyrir fyrra líkanið, og stefnubundin genaáhrif í 43% tilvika, samanborið við 23%. Líkanið getur einnig unnið með ný einfrumugögn úr aðeins nokkrum tugum frumna án þess að vera endurþjálfað. Í einni prófun sýndi það að breytileiki sem tengist alvarlegu COVID-19 truflar genavirkni kröftugar í bóluefnisvirkjuðum T-frumum.europapress.es+1

Að tengja erfðafræði við lyfjamarkmið

Žiga Avsec, yfirmaður erfðamengisrannsókna hjá DeepMind, sagði við The Verge að þetta nákvæmnisstig skipti máli fyrir lyfjaþróun. "Þegar þú þróar lyf ertu að miða á tiltekin prótein og tilteknar frumugerðir," sagði hann. Hann bætti við að AlphaGenome 2 muni ekki leysa forvera sinn af hólmi í bráð, vegna þess að spár þess eru "dýrari" í útreikningum. Sá kostnaður hefði gert það óraunhæft að byggja erfðamengisatlasinn sem DeepMind gaf út í september.theverge.com

Sarah Teichmann, meðstofnandi Human Cell Atlas, sagði að það sem gerir líkanið spennandi sé að það "aðlagast beint að nýjum einfrumugögnum án endurþjálfunar".businessinsider.es

Hvað gerist næst

DeepMind hefur forútreiknað spár fyrir breytileika sem tengjast eiginleikum yfir hundruð frumu- og vefjaástanda. Það áformar að gefa út AlphaGenome 2 Skills í Google Antigravity þróunarvettvangi sínum. Peter Donnelly, forstjóri Genomics Limited, kallaði líkanið "glæsilega framför á sviðinu" og sagði fyrirtæki sitt ætla að bæta því við Mystra vettvang sinn. Avsec sagði að líkön eins og þetta gætu að lokum nýst í viðleitni til að byggja "sýndarfrumur," sem eru stafrænar eftirlíkingar af líffræðilegum kerfum.theverge.com+1